Mit 4. Oktober 1863 wurde August Jilek in den Rang des „Obersten Marine-Arztes“ befördert und leitete von da an mehr als 30 Jahre lang den Sanitätsdienst der k.(u.)k. Kriegsmarine. Diese Zeit war von einem stetigen Mangel an Marineärzten geprägt, dem Jilek mit Reformen und einer deutlichen Aufwertung des „Marinesanitätskorps“ beikommen wollte.
Bereits 1867 wurde nach den Plänen von August Jilek der marineärztliche Dienst neu organisiert. Dazu erließ Kaiser Franz Josef I. am 18. September 1867 ein neues “Organisationsstatut für die Marineärztliche Branche”, das eine bessere Bezahlung und eine Personalaufstockung vorsah.